劇情接續紅色警戒2，與紅色警戒2：尤里的復仇互為平行時空，由於洛馬諾夫主席被盟軍逮捕，蘇聯即將面臨潰敗亡國的危機，但在這時候蘇聯的科學家泽林斯基成功研發時間機器，於是蘇聯領導人用時光機回到1927年，在布鲁塞尔国际物理会议时把愛因斯坦從時間中消去，盟軍就這樣失去了例如光棱科技、天气控制机等的科技優勢（沒有愛因斯坦的理論质能等价便沒有原子彈），蘇聯成功扭轉局勢，避免了崩潰，甚至当苏联领导人回到正常的时间时，苏联，已经快要征服整个欧洲了。但对于过去的改变通过蝴蝶效应使得之后历史发生了天翻地覆的变化，直接造成了一个全新強大的勢力：昇陽帝國（即日本或大日本帝國）的崛起。升阳帝国对苏联和盟军不宣而战，企图实现他们的“天命”——即征服全世界。

苏联战役

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在苏联战役中，玩家成为苏联的一名新指挥官，其首要任务是将升阳帝国的侵略军从苏联领土上驱逐出去。首先是保卫列宁格勒，并击败升阳帝国的海军舰船，同时在卡斯纳第45号地区（一个建造有卫星发射设施的虚构地区）拦截偷袭莫斯科的升阳帝国军队。前两场战争全部告捷，但是苏联资深指挥官尼科莱·库可夫将军称战争打赢是由于他自己的功劳，企图夺得苏联部长会议主席（总理）的信赖，却没有得逞。随后，玩家和一名空军女将领夏娜一同夺回被升阳帝国占领的、距离帝国本土较近的海参崴海军基地。

在初步扰乱升阳帝国的进攻计划后，一名反共主义思想极其严重的美国总统霍华德·阿克曼当选，并发表演讲，正式对苏联宣战。苏联高层意识到了有了美国支持之后的盟军将开始新一轮的猛攻，且战斗力会大大提升，于是苏联總理将玩家及坦克指揮官歐列格派往日内瓦前线偷袭盟军的军事基地，希望夺得先机。玩家完全歼灭了当地的盟军，这进一步加大了库可夫将军对玩家的不满，他在主席面前不断地贬低玩家的作战能力，但主席没有反应。库可夫将军对玩家的不满上升到了巔峰。總理發现盟军在米科诺斯岛上拥有研究某种新武器的设施，玩家又被派到那里来阻止盟军的企图。玩家成功占领了研究中心，并且击败了盟军的增援部队。正当此役时，查丹科總理遭到不明人士袭击并受伤（其實該刺殺事件是查丹科自導自演，用以陷害庫可夫）。

在此之后，玩家再次和库可夫将军合作，一同袭击位于冰岛的冯·埃瑟林空军基地。在这场战役中，玩家抵御了盟军的一波波空袭，并且摧毁了盟军的前线基地。库可夫将军以作战为名在玩家手中攫取了大量资金。与此同时，查丹科主席發来消息称：前一段时间的暗杀事件乃库可夫将军所为，并告诉玩家库可夫已经叛变，要求玩家铲除库可夫将军，并授权玩家使用基洛夫飞船，玩家遵从了查丹科總理的指令，消灭了库可夫将军和他的部队。

在库可夫之死和空军基地的毁灭之后，苏联发动了对日本本土的战争，玩家亲自指挥了在富士山天皇宫的对升阳帝国天皇芳朗的刺杀行动。杀死天皇後，帝国三军的代表指挥官也被击败，在此役后，升阳帝国已无法“回天”。然而，在此战之前，发明改变苏联命运的时间机器的泽林斯基博士私自通知玩家，并告诉玩家改变历史的真相，但是在信号中途被查丹科總理切断，泽林斯基博士也再没有出现过（對應蘇聯互相殘殺劇情，有可能在事後遭到肅清）。

其後查丹科總理命令玩家前往复活节岛，负责保护苏联與盟军和谈的大使（实际上和談只是騙局，查丹科總理企图以此引誘並殲滅盟军高級將領）玩家听从總理的命令，击败了当地的盟军。正当一切塵埃落定時，查丹科總理突然称玩家已没有利用余地，並想除掉玩家。幸运的是，玩家成功摧毁了總理所在的复活节岛火山要塞，并且杀掉了總理。

在此战之后，苏联已经统治了大半个世界，最后将矛头指向美国纽约。玩家和另外一名指挥官尼可莱·莫斯克文配合入侵纽约，首先切断了当地的供给线，并摧毁了布莱德利要塞，同时建造了新的基地，成功在纽约站稳了脚跟。在玩家毁灭性的进攻下，自由女神像倒塌了。玩家完全击败了盟军，并且成為了蘇聯以至全世界新任總書記，一个新的“红色世界”建立了。

盟军战役

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在盟军战役中，玩家会成为盟军的指挥官，盟军在欧洲节节败退，苏联幾乎占领了整個歐洲——除了英国外。故盟军决定死守布莱顿海岸，玩家在指挥官吉尔利斯·皮斯帮助下，成功击退了库可夫率领的部队。然后，盟军决定解放法国的戛纳，玩家在谭雅、间谍和指揮官華倫·富勒的帮助下，盟军保护了法国的高级官员并成功打败了苏联指挥官尼可莱·莫斯克文。

再后来，盟军决定解放德国的海德堡，玩家在指挥官利塞特·汉莉帮助下，摧毁了苏联的铁幕装置和被铁幕装置保护的苏联指挥所。但就在这时，升阳帝国开始崛起，并通过浮岛要塞占领了直布罗陀，盟军将领罗伯特·宾汉决定让玩家和苏联合作打败升阳帝国，但这遭到总统反对，但苏联和盟军还是一起夺回了直布罗陀，接着盟军和苏联再次合作，控制了升阳帝国在北海的浮岛要塞，但这时，总统决定消灭苏联，于是便去拉什莫尔山启动终极武器——末日罗斯福，玩家和谭雅一起摧毁了末日罗斯福的控制器并杀掉了总统（如果让总统搭上直升机时将其击坠，会出现绿色火花，即可能总统是昇阳帝国派来的机械傀儡）。

后来，谭雅来报，升阳帝国将军将去东京参加会议，盟军决定让玩家再次和苏联和合作去摧毁升阳帝国，但苏联却背信了，不过玩家还是驅趕了升阳帝国。后来，格雷戈尔·赛林斯基博士背叛苏联，告诉了盟军升阳帝国不该出现的真相，并告诉苏联在哈瓦那有所动作，盟军决定派玩家去哈瓦那探明情况，发现了苏联想利用隐藏在运动场里的基洛夫飞艇去轰炸盟军的任何一个城市，玩家成功的阻止了他们的计划，随后，苏联只得退守列宁格勒，部长会议主席托尼·查丹科决定逃亡太空，盟军决定让玩家去摧毁列宁格勒的中心要塞，要塞被摧毁后，苏联领导人被打入冰牢，最后，全世界恢復了自由，玩家得到情报官伊娃·麦肯娜和谭雅的邀请，美國副总统則繼任总统。

升阳帝国战役

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在帝国战役中，玩家成为帝国的最新指挥官，在天皇的命令下，开始了征服之旅。首先，帝国在新年之夜进攻了苏联沃尔库塔地区某小镇，伤亡惨重，机智的指挥官利用了帝国的迅雷运输艇骗过苏联守卫，对其发电厂造成毁灭打击，最终在帝国的大量步兵的帮助下，击败了苏联统帅欧列格·凡丁，并摧毁该地雕塑和重创苏联海军。其后，皇太子达郎给了指挥官装甲部队，天皇指示要摧毁斯大林格勒“苏联之母”雕像，指挥官联合帝国名将天西贤治击败苏军，摧毁雕像，使苏联人的精神受到重创，并护送了一支秘密的运输部队。后来在乌克兰的敖德萨，指挥官利用打击者VX护送运输部队，在敖德萨军用仓库建造了帝国传奇般的战神——将军刽子手，其轻易扫荡了敖德萨，所到之处苏军丢盔弃甲，苏军主帅尼克莱·库可夫侥幸逃脱。

随后，盟军偷袭帝国的珍珠港(EA的惡攪)，在指挥官的英勇抵抗下，盟军被赶走，守住珍珠港了，但天皇大为光火，達郎才知道盟军玩起了声东击西，珍珠港只是佯攻而已，他們的主要目標其實是帝国玄武要塞，然後再借要塞來作為進攻東京的兵站，他們已經从太平洋另一侧派MCV偷袭了，達郎急忙命令指挥官去玄武要塞阻截盟軍。最後指挥官利用要塞防御逐步击溃盟军，保住了要塞。为了让盟军屈服，天皇让指挥官开着要塞找盟军寻仇，更重要的是要控制美国新闻界，在玄武要塞的火力下，指挥官杀上洛杉矶圣莫尼卡海滩，并驱逐盟军，控制其新闻界。

但天皇的政策终于使得苏联和盟军这两个死对头走到了一起，他们联合对帝国发起了惊天一击。天皇在透過機械傀儡的美國總統偷聽盟軍領袖和一位蘇聯亡命到盟軍的科學家（也就是泽林斯基博士）的通訊時得知，帝国的崛起只是蘇聯利用時間機器干涉歷史所造成的错误时十分震惊，最终导致天皇喪失戰意，並将权力交给了皇太子达郎。起初帝国军面对盟军和苏联组成的联军毫无招架之力，但是指挥官利用百合子夺回基地，并联合帝国军队捣毁苏盟联军的基地，并阻止了盟军干扰作战控制连线的举动。苏盟联军被打退后，达郎决定彻底消灭苏联，指挥官的大军杀向莫斯科，将军刽子手再次登场，指挥官利用它砸烂了苏军防线并拆了克里姆林宫，苏联部长会议主席查丹科试图保住时间机器，于是用双刃直升机将其运走，不料指挥官早有防范，直升机被拦截并击落，随后，苏联彻底灭亡。

苏联毁灭后，盟军龟缩在阿姆斯特丹港，由于盟军最大的支持者未来科技公司在该处，帝国倾巢而出，准备歼灭盟军，在指挥官解除盟军的空中优势后，苏联博士泽林斯基带领硕果仅存的苏军前来帮助盟军，并用铁幕保护了未来科技公司总部，但指挥官仍然歼灭了盟军，并最后与泽林斯基的苏军决战，在决战后，苏联全军覆灭，未来科技公司大楼倒塌，盟軍沒落，帝国征服了全世界達成了「天命」，而指挥官则成为了终极将军（征夷大將軍），并受到帝国情报官的爱慕。